Inicialmente fue denominado Museo etno arqueológico Lilí. Surgió como proyecto para fundamentar la cultura colombiana mestiza, en cabeza del profesor Carlos Alberto López Maya y con la participación de Fernando Suárez Alarcón y la del profesor Ary Campo Chicangana- a partir del año 2005-. Ellos, con la colaboración de administrativos, docentes y estudiantes realizaron una serie de actividades destinadas a mantener en el ambiente académico UAO, el estudio y presencia de temáticas etnográficas y arqueológicas asociadas a la zona geográfica del Pacífico colombiano y sus distintos grupos culturales.
Se resaltan donaciones de algunos miembros de la comunidad UAO, de piezas originales y algunas replicas recibidas como material didáctico, con las que la Facultad de Humanidades inició el Museo y capitalizó el proyecto en razón del rescate del patrimonio cultural de la región.
Paulatinamente se consolidó el proyecto y así se realizaron conferencias arqueológicas en el “Día de la cultura universitaria” a partir de 1993 con docentes de antropología, tratando temas sobre las culturas precolombinas que componen la historia del país. Sobresale la intervención de Luis Francisco López, docente de antropología que hablo sobre las características que tenían las piezas de algunos grupos indígenas.
Para 1996 se creó la asignatura Antropología cultural, ofrecida por la División de Humanidades a la población académica de la UAO como formación humanística.
En 1998, el grupo Amigos del museo, en la etapa inicial de la realidad actual del Museo Lili y a manera de grupo de estudio e investigación formativa, trabajó con el objetivo de ubicarlo en la UAO, en su sede Valle Lilí y conformarlo como un hecho físico donde la estructura se concentrara en ser más dinámica que rígida, con aspectos sociales, culturales y lúdicos. El grupo coordinado por Eduardo Jaramillo, estuvo conformado por jóvenes estudiantes Autónomos que se vieron en la necesidad de mostrar los estudios culturales.
A su vez, Carlos López indicó el propósito social del museo: es ante todo cultural, es vincular estudiantes para que luchen por el rescate de la memoria de las culturas precolombinas del suroccidente colombiano. Para la Universidad como institución que agrupa la academia y la cultura, es muy importante en el sentido de buscar nuestra propia identidad y más aún en el sentido de buscar las raíces colombianas.
Se realizaron salidas de campo y prácticas académicas a otros museos del país. En el Centro de Museos de la Universidad de Caldas, estudiantes y profesores asociados al Museo Lilí fueron atendidos por el antropólogo Pedro Pablo González, quien explicó el sentido que posee el laboratorio del Museo arqueológico y su sala de exposición permanente Pobladores del Cauca Medio. En 1999 se realizó una salida de campo al Museo arqueológico Calima en Darién – Valle, para trabajar con los estudiantes asuntos sobre la cultura y la sociedad del complejo cultural Calima. También se visitó el Museo Arqueológico La Merced en Cali.
Para el año 2000 se generó un espacio provisional para exhibir el museo en el campus Valle del Lilí, con grupos de danzas que representaron la cultura pacífica y la participación de Carlos Armando Rodríguez, Arqueólogo de la Universidad del Valle quien comentó: los museos son aquellos que investigan, conservan y exponen ese patrimonio cultural, aportando así la identidad cultural de los pueblos.
Para el año 2001 se conmemoró el primer año del entonces Museo etno-arqueológico Lilí; con la exposición “arte de la tierra” y la presentación, en el auditorio Lili, del grupo Intimu llamanto (semillas de sol). Director: Alexander Agudelo.
En 2002, durante la celebración de los dos años del museo etno-arqueológico, realizada en el auditorio Yquinde, el grupo Amigos del museo hablo de la creación del museo virtual Lilí y la Decana de la División de Humanidades de entonces, la Dra. Claudia Uribe indicó que el acontecimiento encerraba consigo cierto sentido cultural gracias a la proyección del valor ético y ancestral mediante la recopilación, interpretación y sistematización de los elementos heredados de nuestro antepasados ligándonos a nuestro tiempo presente. Por su parte, el docente Ari Campo Chicangana enfocó su intervención en la cultura Yanakona en Cali, comentó que consta de 1200 personas que llegaron a la ciudad hace aproximadamente 60 años, pero que a su vez llegaron a otras partes del país desde el macizo colombiano; lugar que para ellos es el corazón, es el centro y desde ahí nacen los ríos importantes para el territorio. En Cali se organizaron en un mismo nivele, en el llamado consejo horizontal. Ese mismo día se presentó el grupo musical Huari mensajeros de la cultura y la exposición Yanakona con elementos representativos de la comunidad: mantas, bolsos e instrumentos musicales, entre otros más.
Se realizaron otros trabajos y exposiciones como:
Exposición fotográfica, elaborada por el curso de antropología cultural. Noviembre 24, 25 y 26 de 2003.
2003, conversatorio: Comunidades Indígenas en Cali. Expositora: Catalina María Achipiz.
2004, seminario taller “Introducción a la elaboración de un guion museográfico”. Realizado los días 11, 18 y 24 de Septiembre en la UAO – Banco del afecto. Orientado por: Carlos Alberto López.
Durante el año 2006, se elaboró la primera versión del guion museográfico y museológico. Profesores: Ari Campo Chicangana, Fernando Suárez Alarcón y Carlos Alberto López Maya.
Posteriormente, en el año 2007 se reconfigura y consolida el guion científico del Museo Lili, con la participación de las profesionales Pilar Echeverry y Angélica Núñez. A partir de éste se produce el guion curatorial que consolida la actualidad del Museo Lili. Este proceso se realizó con el apoyo continuo de María Victoria González y Claudia Alejandra Valero de la dependencia de Cultura y Bienestar Universitario de la UAO y fue diseñado y producido por el profesor Ricardo Castro Ramos, en el espacio físico adaptado inicialmente por la arquitecta Olga C. Eusse. El 17 de octubre de 2008 el profesor Ricardo Castro Ramos inaugura la exposición permanente “Gente Pacífica. Identidades Móviles y Territorios de Tránsito.