La consolidación del guion científico se obtuvo con la orientación especializada desde la museología y la antropología, con las que se garantizara la coherencia conceptual y temática y las orientaciones necesarias para llevar a cabo la producción museográfica, así como las pautas del proyecto pedagógico del museo en términos de investigación, divulgación y conservación.
Lo más sobresaliente en el guión científico es la postura de hacer visible la diversidad cultural de la región geográfica del Pacífico y la importancia de la ciudad de Cali como lugar de encuentro de dicha diversidad, de tal manera que se tomó como punto de partida la urbe caleña a modo de epicentro, dando explicación a los fenómenos de movilidad, etnización e identidad en la región.